１．費用はどちらが得か？

公正証書遺言の場合、公証人の手数料と司法書士のサポート料の合計になります。公証人の手数料は財産の価格によって異なりますが３万円～１０万円、司法書士のサポート料は４４０００～５５０００円が多いケースだと思います。自筆証書遺言の法務局保管制度の場合は、司法書士のサポート料を除けば３９００円になります。

 ２．証人と作成

公正証書遺言の場合は証人２名が必要です。司法書士がサポートした場合には司法書士が証人になることが多いと思います。事前に内容を打ち合わせしたうえで、公証人が本人の前で再度口述し正確な遺言の形にしてくれます。

自筆証書遺言の法務局保管制度の場合は、自ら自筆で作成し法務局へ持ち込むので証人は不要ですが、様式等に約束事があります。内容については自身で考えて作成するので、誤った、実現不可能な内容になってしまう可能性があります。これに対し、法務局の職員は内容についての質問・相談は受けずアドバイスもしません。タダはタダなりです。完璧な自筆証書遺言は稀です。

３．本人の出頭と出張サービスの有無

公正証書遺言の場合、原則として本人が役場に証人と一緒に出向いて作成してもらいますが、病気等で役場に行くことが困難な場合には、公証人に出張してもらうことも可能です（出張費はかかります）。
自筆証書遺言の法務局保管制度の場合は、必ず本人が法務局に出向かなければなりません。代理人（弁護士・司法書士・税理士等）や家族が代わりに法務局に行って手続きをすることは出来ません。また法務局の職員が本人のところに出張することはしません。
★老人ホーム、老健、病院、自宅療養中で法務局に行けないかたは、この制度は使えません。

 ４．どこで作るか

公正証書遺言の場合は、全国どこの役場でも大丈夫です。
自筆証書遺言の法務局保管制度の場合は、

の中から選びます。ただし指定された法務局になります。現在、東京法務局の場合は、本局、板橋出張所、八王子支局、府中支局、西多摩支局になります。 

５．保管について

公正証書遺言の場合、公証役場で『原本』を半永久的に保管します。『正本』と『謄本』を遺言者に交付されますが、紛失しても大丈夫。低額の手数料で、『原本』を元に『謄本』を再発行してくれます。相続人の一人が公正証書遺言を隠したりしたとしても、ほかの相続人は、役場に再交付を求めることが出来るのです。
自筆証書遺言の法務局保管制度の場合は、法務局で保管するので安全といえば安全ですが、再発行は出来ません。
法務局は遺言書の原本を保管すると同時に、法務局内の端末でコンピューターデータ（遺言書の画像データ）としても保存します。一般的な相続の場合は、遺言者の死後50年間は遺言書の現物が保管されます。コンピューターで管理されている遺言書保管ファイルの情報は、150年間保管されます。

 ６．検認は必要ない

公正証書遺言の場合も自筆証書遺言の法務局保管制度の場合も、家庭裁判所の検認は不要です。ただし通常の自筆証書遺言は検認が必要です。

 ７．遺言書の検索システム

公正証書遺言の場合、相続開始後に相続人等の関係者が遺言検索システムを利用し照会できます。また謄本の発行をしてもらうこともできます。
自筆証書遺言の法務局保管制度の場合は、相続開始後に相続人等の関係者が『遺言書保管事実証明書』(８００円)の交付申請が出来ます。また、『遺言書情報証明書』(１４００円)を発行してもらうこともできます。相続手続きには、この証明書を使います。

 ８．通知制度

自筆証書遺言の法務局保管制度の場合は、相続人等の中で誰か一人でも遺言書情報証明書の交付を受けたり、遺言書の閲覧をした場合には、その他の全ての相続人等に対して遺言書が保管されている旨の通知をします。ただし、関係相続人等のうちのいずれかの方が閲覧等をしなければ、仮に相続が開始した（遺言者が死亡した）としても、この通知は実施されません。（自動通知ではありません）
もう一つは、遺言書の保管の申請の時に「死亡時通知の申出」をすることができます。この申出をしておくと、遺言者が死亡したときに、法務局から、あらかじめ指定しておいた相続人、受遺者、遺言執行者などのうち1名のみに対して、遺言書が保管されている旨の通知をします（自動通知ではありませんし、令和３年度以降頃の予定）。
公正証書遺言の場合は、通知制度はありません。

 ９．保管申請に必要なもの

 参考
法務局における自筆証書遺言書保管制度について
http://www.moj.go.jp/MINJI/minji03_00051.html

自筆証書遺言書保管制度の手数料一覧
自筆証書遺言書保管制度の遺言書保管所一覧
http://www.moj.go.jp/MINJI/minji06_00010.html